電子レンジは使い勝手の良い調理機器であるが、大量の電力を消費することやその性質などから、誤った使い方による事故もあり、またその独特な加熱方法にもよって他の機器には見られない問題点も存在する。
設置に際しては、一般に利用し易いよう、また加熱調理中の食品の状態が目で確認し易いよう、目の高さかやや低い位置に置かれる傾向がある。一般の家電製品の中でも突出して電力を消費するものであるため、他の家電製品では無視されがちな部分にも注意が必要である。
1kW程度の電力を消費するので、電源系統の過負荷には注意する必要がある。電源も蛸足配線のような高電気抵抗配線やトラッキング火災を誘発させかねない状態は避けたほうがよい。
調理の際に水濡れなども起こりうるほか、高電圧を利用するため、漏電に伴う感電防止の観点からアースを取ることを、メーカーなどでも推奨している（無くても動くが正しい利用方法とは呼べない）。
かなり重く比較的高い位置に設置して使う機器なので、震災時に動いて思わぬ事故にならないよう耐震補強しておくとよい。
利用できる食器・できない食器 [編集]
基本的に利用できる食器は、陶器・磁器（いわゆる「せともの」）のうち金箔・銀箔などを使っていないもの（色彩・装飾された皿は注意が必要である）か、MICROWAVABLEの刻印があるなど電子レンジ用であることが明記された耐熱ガラス器などである。合成樹脂容器の中にも電子レンジ対応のものが見られるが、こちらは内容物（油を含む食品など）によっては融けたり溶けたり（融解・溶解）する場合もあり、過度に熱しないよう注意が必要である。所定の利用方法が説明書などに示されている電子レンジ対応プラスチック容器は、それに従うようにする。
電子レンジはマイクロ波を使うため、金属箔（アルミ箔など）、金属粉を使った（装飾の金線・銀線など）陶器、沈金を施した漆器などは、火花を生じるので使用できない。漆器自体も塗装面が傷むので避けたほうがよい。
耐熱性の無いプラスチック容器を用いると、高温により変形することもある。特に油物を入れた発泡スチロール製のトレーでは溶解する場合がある。また、容器の材質によっては高温により可塑剤などの人体に有害な成分が食品に溶出する恐れもあるので、極力電子レンジ用の容器に移し替えて調理することが望ましい。
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食品用ラップフィルムでも成分が溶出する製品も存在するので、電子レンジに利用するものは慎重に選ぶことが望ましい。また耐熱性の面から、ほとんどの製品には「油分の強い食品を直接包んで電子レンジに入れないでください」という注意書きがある。耐熱限度を超えたラップフィルムは溶融して食品に付着してしまう場合もある。
耐熱ガラス容器と混同され易い強化ガラス容器は、これに入れられた料理の加熱後にステンレス流し台の上に置くと、容器の底面接触部分だけが急速冷却された形になり、粉々に破砕することもある。2000年代に肉じゃがを加熱したガラス器がひとりでに粉砕したとしてニュースで取り上げられた。